家畜として生まれた動物たちは、自らは何もせず、搾取し消費するだけの人間に憤っていた。
「人間は、ミルクも出せなければ卵も産めない。力がなくて、鋤も引けない。それなのに我々動物の上に君臨している。ミルクを出し、卵を産み、鋤を引く我々は、授かった命を全うすることさえ許されていない」
長老豚メージャーによってその事実に気づかされた動物たちがついに立ち上がった。人間を追い出し、荘園農場の名を「動物農場」と改めた。自由に生きるための法律「動物農場七戒」を定め、指導者のいない動物農場でみんなが責任を持って懸命に働き、収穫は大成功を収めた。皆は腹一杯食べ、とても幸せだった。
やがて、メージャーから人間の知識と学問を授けられ、農場の頭脳として働いていた3匹の賢い豚、スノーボール・ナポレオン・スクィラーの意見が割れ始めた。農場の未来を案じて風車の計画に取り掛かるスノーボールに対し、目先の収穫に拘るナポレオンとスクィラー。動物たちはその間で揺れ動きながらも、徐々にスクィラーの巧みな演説に誘導され、ついにスノーボールを人間のスパイと断定し農場から追い出してしまう。 　そして、農場の指導者となったナポレオンの指揮の下、動物たちは風車の建設に取り掛かり始めた。人一倍働くボクサーや小言を言いながらも働くベンジャミンに対し、リボンや甘い砂糖を好むモリーは、動物たちの輪から離れて行く。
そんな中、かつての農場主ジョーンズが風車の計画を知ることとなる。
風車が完成しようとする頃、動物農場に人間たちが現れた。人間は風車に爆薬を詰め込み、跡形もなく壊してしまった。怒り狂い、人間に立ち向かっていく動物たちだったが、多くの犠牲を生んでしまう。
やるせなく悲嘆する動物たちを前に、ナポレオンとスクィラーは「風車の戦いだ」と鼓舞し、その裏で敵であるはずの人間たちと取引を始めた。
厳しい冬が訪れ、農場での収穫は減る一方。動物たちへの配給は日に日に減っていった。農場一の働き者ボクサーが倒れ、ナポレオンは、医者と偽り屠殺業者を呼んだ。そうとは知らずボクサーに見舞いの言葉をかける動物たちに、ベンジャミンが初めて声を上げた。
「お前さんたちがハエだ！　わしら年寄りや弱いものにたかるハエだ！」
もはや豚は人間だった。人間と同じ格好をし、二本足で歩いた。仲間であるはずの動物たちの上に君臨していた。
しかし動物たちは、ナポレオンの駆り立てた猟犬にも、振り上げられた鞭にも怯まず立ち向かった。
俺たちには夢がある
弱いものも　強いものも
賢いものも　愚かなものも
みんなが自由に　大地を駈ける夢さ
ミューリエルが唄い出した「大地を駈ける」に、他の動物たちも続く。そしてついに、何度も書き換えられた動物農場七戒の看板を倒した。
すべて終わった静寂の中、動物農場に舞い込んだ一陣の風によって風車が回り始めた。